Para copiar un directorio a otro, y sobrescribir los archivos debemos utilizar el parámetro -f

En función de la distribución que utilicemos es posible que no funcione el parametro -f, esto es debido a que existe definido un alias para el comando cp que sobrescribe el parámetro -f

Para ver los alias del sistema ejecutar el comando alias:

#alias
alias cp=’cp -i’

Podemos eliminar el alias si queremos evitar que pregunte siempre con el comando:

#unalias cp

O ejecutar el comando con comillas simples, de esta manera no omite el alias

#’cp’ -Rf origen destino